2021년 12월 22일 방송된 SBS 예능프로그램 "골 때리는 그녀들" 편집 조작에 배성재가 가담하였다는 의혹이 제기 되었다. 조작 의혹이 있는 경기는 FC 구척장신과 FC 원더우먼의 경기로 당시 두 팀은 3:0으로 전반을 끝냈고 후반 들어 두 팀이 각각 3골씩을 넣어 경기는 최종적으로 6:3으로 마무리 됐다. 하지만 현장 스코어보드에에 적힌 점수와 자막에 나온 점수가 다르고 선수들이 마신 물병의 개수가 늘었다가 줄었다하는 장면 등이 나오면서, 여러 장면이 짜집기되어 제작진이 경기 흐름을 조작했다는 의혹이 제기 됐다. 실제로는 4:0까지 벌어진 스코어가 방송중에 3:2를 의미하는 펠레 스코어라는 말을 배성재와 이수근이 언급하면서 중계진 두 사람이 조작에 가담했다는 의혹이 나오면서 배성재는 비판을 받게 됐다.
이에 대해 배성재는 24일 인스타그램 라이브 방송을 통해 눈물을 흘리며 해명을 내놓았는데 "중계방송에 나오는 목소리를 따로 녹음한 건 아니다"며 "촬영 중 쉬는 시간에 작가나 막내 연출자가 써온 멘트를 읽어달라고 하면 예고에 쓰이는지, 본방에 쓰이는지, 언제적 경기인지 모르고 기계적으로 읽었다", "그 부분이 편집 조작이나 흐름 조작에 사용될 거라 상상 자체를 하지 못했다"고 밝혔다. SBS는 배성재를 옹호 입장을 내놓았는데 "이번 조작 논란은 배성재와는 전혀 관계없이 연출진의 편집 과정에서 벌어진 문제"라며 "두 진행자 배성재, 이수근은 이번 일과 무관하고 죄송한 말씀을 전한다"고 했다. 하지만 일부 네티즌들은 배성재의 이번 해명에 여전히 의구심을 표하는 등 엇갈린 반응을 내놨다.
12월 26일 김병지가 본인의 유튜브 채널에서 라이브 방송을 진행하며 해명을 했다. "저희는 단순히 편집이라고만 생각했지, 조작이라고는 생각 못했다. 그렇게 생각하지 못한 것에 대해서는 죄송하다는 말씀을 드리고 싶다"고 했다. 자신의 말에 시청자들의 반박이 쏟아지자 김병지는 "정말 죄송하지만 저는 '골때리는 그녀들'을 예능이 담긴 스포츠로 봤다. 저희는 지금까지 있었던 과정들과 내용들을 알지 않았겠냐, 그럼에도 얘기를 하지 않았다. 저희들은 그런 부분은 편집에 의해 재밌게 해도 된다는 생각을 한 것"이라고 제작진의 조작을 알고 있었지만 예능의 조작을 위해 아무 말 하지 않았다고 설명했다. 조작을 전혀 몰랐다는 배성재의 입장과 정면으로 배치되는 입장이라서 누구의 말이 맞는 것인지 의문이 생기고 있다.
12월 27일 SBS가 자체 조사 결과를 발표하며, 시즌1부터 조작이 있었다고 인정했다. 그리고 책임 프로듀서와 연출자를 즉시 교체하고, 징계 절차를 밟기로 했다.
