설민석은 역사적 사실을 단순화하고 왜곡하거나 엉뚱하게 설명하는 경우가 있고, 강의 내용을 사전에 검토하지 않았다가 잘못 말한 적도 여러 번이다. 인터넷에 돌아다닐 법한 낭설을 진짜처럼 말하는 경우도 종종 있다. 심지어 전문가 자문을 받았음에도 불구하고 엉터리 방송을 내보내는 경우가 있다. 대략 1990~2000년대쯤의 역사적 통념에 MSG를 가미해서 전달하는 식인데, 학자가 아니니 독자적인 연구까진 바랄 수 없지만 선행 연구 검토조차 안 하는 건 문제라는 시각이 대두되는 중. 하필? 전달력이 좋아서, 사학이 상대적으로 낯설 수 있는 대중들의 입장에선 넘어가기 딱 좋다. 게다가 많은 이들이 수능이나 공무원 시험 준비를 위해 그의 강의를 듣다 보니 묘하게 정이 들어서 실더가 많아진 것도 문제. 강의력과는 별개로, 사실 관계에서 틀리는 건 분명히 비판받아야 할 점이다.
심지어 설민석 강의로 역사를 배운 사람이 가짜뉴스나 루머를 믿듯 이상한 주장을 하다 망신 받는 경우도 생겨났다. 덕분에 관련 커뮤니티에서는 역사에서 가장 중요한 사실 관계를 무시한다는 점에서 역사 선생 자격이 없다는 말도 많이 나온다. 역사 커뮤니티에서도 이젠 포기했는지 강사는 비즈니스적인 관계일뿐 스승이나 전문가로 봐선 안 된다는 의견이 압도적인 주류를 차지했다.
그리고 포퓰리즘적 경향이 있다는 비판이 있는데, 자극적이고 흥미위주의 내용을 강의한다. 유명한 EBS 간도 강의때도 마찬가지고 민족주의 사관이 들어간 말을 꽤 하는 편이고, 33인 민족대표에 관한 내용에서는 자극적인 내용만을 쫓아 강의 하였다. 당시 시대적 흐름에 따라 대중이 원하는 것을 따라 말하는, 다시 말하면 사학 전공자라기보다는 연예인같이 보이는 포퓰리즘적 성격이 강하다. 뿐만 아니라 역사를 학문적 분석이 아니라 감성 중심의 해석을 하는 경향이 매우 강하다.
결국 2020년 12월 설민석의 벌거벗은 세계사 방송이 비판을 받으면서 이 문제가 크게 불거지고 본인이 직접 사과하게 되었다.
