팜유를 얻기 위해 엄청난 환경파괴가 자행된다는 주장이 제기되면서 그린피스 등의 환경단체에서는 팜유 사용과 판매를 자제할 것을 주장하고 있다. 인도네시아에서 팜유를 재배하기 위해 건기 동안에 열대우림을 불태우고 기름야자나무를 심는데, 문제는 열대우림을 불태우는 스케일이 매우 거대하다는 것. 2015년에는 엘니뇨의 영향으로 건기가 길게 지속되면서 열대우림 파괴도 심각하게 이루어졌는데, 10월 동안 인도네시아의 일일 평균 탄소배출량은 2300만t으로 미국(1600만t)을 넘어섰고, 세계 1위인 중국(2930만t)의 탄소배출량을 넘어선 기간도 9-10월 중 14일이나 되었다. 숲을 불태우며 난 산불로 10명이 사망했고, 50만 명의 호흡기 질환 환자가 발생했으며 산불로 발생한 연기는 인도네시아는 물론 싱가포르와 말레이시아, 태국에 이어 필리핀까지 퍼졌으며, 국제선 여객기가 취소되었다.
내셔널지오그래픽의 "1000 days for the planet" 이라는 프로그램에선 인도네시아의 열대우림을 밀어버리고 기름야자나무를 심어버리면서 생물종의 다양성 감소는 물론, 멸종위기종인 오랑우탄의 서식지도 파괴되고 있다고 지적했다. 실제로 기름야자를 재배하기위해 밀어버린 벌판에서는 오랑우탄이 얼마 남지않은 나무에 피신해 있다가 영양실조나 기름야자 재배에 방해가 된다며 죽임을 당하기도 한다.
또 팜유 농장을 만드는 방식, 즉 벌목 대신 태워버리는 과정에서 나오는 탄소 배출이 문제가 될 수 있다. 좀 더 풀어 쓰자면 애써 열대 지방에서 열 에너지와 물, 지력을 소모하여 이산화탄소의 탄소를 팜나무의 형태로 고정시킨 것을, 불을 태워 다시 이산화탄소의 형태로 되돌리는 것은 오히려 전체 엔트로피의 증가를 가져오므로 훨씬 더 유해하다는 것. 그리고 이런 숲에서의 대규모 화재는 산소 밀도를 지엽적으로 떨어트려 불완전연소, 즉 일산화탄소나 미연소 탄소의 발생량을 늘리게 하며, 이렇게 발생된 일산화탄소 및 미연소 탄소는 식물이 포집할 수 없으므로 더 문제가 된다. 더불어 이게 문제가 되는 또 다른 이유로는, 인접국가에의 미세먼지 피해가 있다. 중국에서 생성되는 미세먼지로 한국이 피해를 보고 있듯, 인도네시아 발 팜나무 화재로 인하여 말레이시아, 싱가포르, 브루나이 등 인접 국가 뿐만 아니라 멀게는 필리핀이나 인도, 호주 대륙까지도 그 피해가 보고 되고 있다.
다만 아마존 밀림 파괴 문제도 그렇지만 무작정 환경파괴라고 비난하기는 무리가 있다. 물론 환경 파괴는 맞지만 팜유를 생산하는 나라들은 인구 밀도가 높은 개도국들인데, 이런 상황에서 굶어죽을 수는 없는 노릇이고 뭘 심든 심어서 기름을 짜야 하는데 팜유의 경우 같은 면적에서 다른 작물에 비해 최대 20배의 기름을 생산하므로 필요악으로 팜유 농장을 만들 수밖에 없다는 것. 따라서 야생산림 파괴에 대해 생태계 파괴라며 무분별하게 비난만 할 것이 아니라, 농업과 자연생태계 보호가 양립할 수 있는 해법에 대한 고민을 하는 것이 필요하다. 단적으로 저런 태우는 방식을 지양하고 벌목으로 팜농장을 만들 경우 충분히 친환경적일 수 있는데 열대우림의 탄소 흡수량이 헥타르당 42톤인데 비해 팜농장의 경우 64톤이나 된다.
그리고 열대우림을 기름야자 나무 단일종으로 바꾸는 만큼 단순히 탄소 흡수량 문제 뿐만 아니라 토지황폐화, 생물 다양성 감소, 서식지의 파괴 역시 무시할 수 없는 문제이다.
이러한 문제 때문에 불매 운동이 벌어진 상품들이 있으며, 대표적으로 누텔라가 있다.
